मुंबई मराठी ग्रंथ संग्रहालय का चुनावी विवाद थमने का नाम नहीं ले रहा है। आरटीआई कार्यकर्ता और आजीवन सदस्य अनिल गलगली ने आरोप लगाया है कि चैरिटी कमिश्नर की अनुमति के बिना मुंबई मराठी ग्रंथ संग्रहालय की 15 सदस्यीय कार्यकारिणी का कार्यकाल बढ़ाया जा रहा है, जबकि यह कार्यकाल 5 वर्ष का होना चाहिए। अनिल गलगली ने कार्यकारिणी चुनाव में धांधली का आरोप लगाते हुए चैरिटी कमिश्नर, चुनाव अधिकारी और भोईवाड़ा पुलिस समेत संगठन के अध्यक्ष शरद पवार को लिखित पत्र भेजा है।
3 फरवरी 2020 को मुंबई मराठी ग्रंथ संग्रहालय के अध्यक्ष शरद पवार के साथ हॉल में एक बैठक हुई. उस बैठक का आयोजन मेधा पाटकर के आंदोलन के बाद किया गया था। उस बैठक में अनिल गलगली ने शरद पवार की मौजूदगी में संग्रहालय की घटना के बारे में पूछे सवाल का जबाब संस्था के कार्यवाह हो या उपाध्यक्ष डॉ. भालचंद्र मुंगेकर, शशि प्रभु, विद्या चव्हाण, ट्रस्टी प्रताप आसबे, इनमें से कोई भी तत्काल जानकारी नहीं दे सके। शरद पवार ने सुझाव दिया कि घटना को स्पष्ट किया जाना चाहिए, दुर्भाग्य से बैठक के बाद शरद पवार के सुझाव पर कोई कार्रवाई नहीं हुई और इसे अप्रत्यक्ष रूप से महत्व नहीं दिया गया। मुंबई मराठी ग्रंथ संग्रहालय के कार्यकारी बोर्ड का चुनाव 1989 के संविधान के अनुसार होना चाहिए।
4 महीने के इंतजार के बाद अनिल गलगली ने 6 जून 2020 को एक पत्र भेजा, जिसका जवाब 7 महीने बाद दिया गया. मुख्य कार्यवाहक सुभाष नाईक ने कहा कि 1989 की घटना मंजूर हैं. इस संविधान का नियम 10 और 15 स्पष्ट है और वर्तमान में होनेवाला चुनाव संविधान और नियम के खिलाफ है। हाल ही में चुनाव अधिकारी ने अनिल गलगली को जवाब दिया है कि पंचवर्षीय चुनाव अद्यतन नियमों के तहत हो रहे हैं। मुंबई मराठी ग्रंथ संग्रहालय के अधिकारिक दावे के आधार पर अनिल गलगली ने पूछा है कि जब चुनाव की अवधि 3 साल थी तो चुनाव की अवधि को 5 साल कैसे कर दिया गया. अद्यतन नियम कब बनाया गया था, क्या इसे सामान्य सभा द्वारा अनुमोदित किया गया है और क्या इसे चैरिटी आयुक्त द्वारा अनुमोदित किया गया है? इस तरह के कई सवाल मौजूद हैं।